股票交易手续费不一样的原因如下：
1、投资者在买入股票时，只需要缴纳佣金费用，而在卖出时，除了要交佣金费用之外，还得较过户费用、印花税，因此，投资者在买卖时其手续费用不一样。
2、不同证券公司，其交易费用有所不同，比如，有的证券公司，其佣金费率为万分之三，有的佣金费率为万分之二点五，投资者在交易个股时，尽量选择费率较低的证券公司交易个股。
3、投资者每笔交易的价格，成交金额不同，从而导致其费用也有所不同，比如，投资者在股票价格为10元的时候买入2000股，其佣金费率为万分之三，则需要交纳的费用=10×2000×3/10000=6元，等股票上涨到10.5元的时候，再加仓2000股，则这笔交易的费用=10.5×2000×3/10000=6.3元。
