房贷晚还了两天往卡里存钱会直接扣走。银行系统会在房贷还款日当天发起扣款，当天扣款失败或者没有足额扣款，那么之后系统会继续发起自动扣款，直到扣满还款的金额为止。用户的房贷已经逾期两天，之后才往还款银行卡中存钱，系统在发起扣款时，除了会扣除应归还的月供，而且还会额外扣除逾期利息。
房贷晚还款两天，如果房贷有还款宽限期，并且宽限期大于等于两天，则系统发起自动扣款，并且扣款成功，银行会视为用户按时还款。而没有还款宽限期，逾期两天才自动扣款成功，银行会认为用户的房贷逾期两天，这样就会产生逾期记录与逾期利息。
房贷逾期会产生较多的负面影响，请在逾期后尽快还清逾期的欠款，无力还款时，可以向银行申请协商还款或者延期还款。
